Cho đến nay, sự phát triển KH&CN tại Việt Nam vẫn còn tương đối thấp, chưa tương xứng với tiềm năng và còn có nguy cơ tụt hậu so với các nước khác trên khu vực và thế giới. Các quy định trong Luật KH&CN năm 2000  được triển khai rất chậm hoặc hầu như chưa triển khai thực hiện.Ðiều đó, một mặt đã làm ảnh hưởng tính bền vững và hiệu quả tổng hợp của các dự án, chương trình. Mặt khác làm giảm nguồn lực tài chính cho KH và CN, giảm tính gắn kết giữa KH và CN với thực tiễn cũng như giảm cơ hội nghiên cứu, ứng dụng của tổ chức, cá nhân hoạt động KH và CN.

Không những vậy, cơ chế quản lý chi tiêu NSNN đối với KH&CN còn phải đối mặt với nhiều bất cập khác như là:

Việc phân bổ nguồn vốn đầu tư của Nhà nước cho KH&CN còn thiếu hiệu quả, chưa thể hiện rõ mục tiêu ưu tiên.

Cụ thể, trong 2% tổng chi ngân sách hàng năm cho KH&CN, hơn 40% được dành cho đầu tư phát triển, phân bổ cho các bộ, ngành, địa phương (chủ yếu là cho xây dựng cơ bản và hạ tầng KH&CN); 40-45% do các bộ, ngành, địa phương trực tiếp quản lý để chi thường xuyên và chi sự nghiệp cho bộ máy quản lý và nghiên cứu. Bộ KH&CN chỉ điều hành trực tiếp khoảng 8-11%. Nguồn kinh phí phân bổ về địa phương cũng lại phải san sẻ cho nhiều mục đích sử dụng.  Chẳng hạn như là năm 2011 kinh phí đầu tư phát triển được phân bổ về cho các địa phương khoảng 2.700 tỷ đồng nhưng các địa phương chỉ thực hiện được khoảng 2.044 tỷ (khoảng 75%) còn lại khoảng 673 tỷ đồng các địa phương sử dụng vào các dự án của các lĩnh vực khác không liên quan đến KH-CN. Đặc biệt, trong hơn 2.000 tỷ đồng sử dụng đầu tư cho KH-CN lại có khoảng 672 tỷ đồng chi không đúng mục đích. Như vậy các địa phương chi sai mục đích đầu tư khoảng 1.345 tỷ đồng, chiếm gần một nửa kinh phí ngân sách Nhà nước đầu tư cho KH-CN phân bổ cho các địa phương. Vì vậy có thể thấy được, tỷ lệ kinh phí dành cho nghiên cứu KH&CN chỉ chiếm một phần nhỏ trong 2% tổng chi ngân sách.

Những bất cập liên quan đến việc xây dựng kế hoạch xác định nhiệm vụ khoa học công nghệ còn mang nặng tính hành chính.

Theo quy định của Luật Ngân sách, các dự án đầu tư phát triển phải được phê duyệt mới được bố trí kinh phí. Tuy nhiên, việc chi kinh phí cho KH-CN được gọi là chi đầu tư phát triển như những dự án đầu tư xây dựng cơ bản. Điều này gây cản trở cho các nhà khoa học rất nhiều bởi từ khi họ có ý tưởng cho đến lúc nhận được kinh phí thì nhiều đề tài đã không còn phù hợp với thực tiễn. Đây là vấn đề nhức nhối đối với giới khoa học. 

Chính bởi vì phải mất một khoảng thời gian rất lâu thì các kế hoạch mới được xét duyệt cấp kinh phí. Nhưng khi đến thời điểm được cấp kinh phí thì các nguồn kinh phí này không còn phù hợp với công việc của đề tài buộc các nhà khoa học phải điều chỉnh lại nhưng quy trình thủ tục lại vô cùng phức tạp và tốn rất nhiều thời gian. Ví dụ  như là khi các nhà khoa học khi điều chỉnh kinh phí trên 1 tỷ đồng phải báo cáo với Thủ tướng Chính phủ. Còn dưới 1 tỷ đồng, Bộ KH&CN, Bộ Tài Chính có thể trao đổi, thống nhất, nhưng thời gian chờ đợi cho việc trao đổi này kéo dài từ 3-6 tháng. Điều này đã gây nên nhiều khó khăn cho các nhà khoa học, gây ảnh hưởng đến các công trình nghiên cứu, thậm chí có nhiều công trình buộc phải dừng lại và chỉ nằm trên các bảng kế hoạch mà thôi.

 Định mức chi tiêu thực hiện các nhiệm vụ bị giới hạn với mức chi tiêu quá thấp.

Các định mức chi tiêu cho mỗi hoạt động KH&CN đều bị giới hạn ở mức thấp, đặc biệt là chi cho nhân công thực hiện hoạt động chuyên môn được xây dựng với mức quá thấp so với yêu cầu thực tế. Hơn nữa, các định mức này không được điều chỉnh thường xuyên theo các biến động thực tế mà thường được duy trì ở mức thấp trong thời gian dài.

Ví dụ như ở nước ta, các trường đại học là nơi tập trung số lượng lớn cán bộ khoa học trình độ cao hầu như không được giao biên chế nghiên cứu khoa học, kinh phí của đề tài nghiên cứu cấp bộ và cấp cơ sở lại bị phân bổ dàn trải nên ở mức rất thấp (hầu hết đề tài cấp cơ sở chỉ được cấp kinh phí khoảng 5-10 triệu đồng), vì thế kết quả KH&CN của các trường đại học còn nghèo nàn, ít có bài báo được đăng tải trên các tạp chí có uy tín của nước ngoài, ít có sáng chế được đăng ký và công nhận.

Bên cạnh đó, còn tồn tại bất cập trong nguồn nhân lực của KH&CN

Hiện nay, nước ta có một số lượng khá lớn các cử nhân, kỹ sư, thạc sĩ, tiến sĩ được đào tạo trong và ngoài nước với ngành nghề đa dạng. Trong một số lĩnh vực như y dược, công nghệ sinh học, công nghệ thông tin, khoa học cơ bản chúng ta có những nhóm, tập thể KH&CN khá mạnh đạt tầm khu vực và quốc tế. Tuy nhiên, một phần nguồn nhân lực này lại không phục vụ cho hoạt động nghiên cứu phát triển KH&CN trong nước. Đã có nhiều người sau khi được đào tạo rất cơ bản thì hoặc tìm cơ hội ở lại nước ngoài lâu dài, hoặc chuyển sang nghề khác. Bởi họ cho rằng họ sẽ tìm được công việc với mức lương cao hơn khi làm việc ở nước ngoài. Và điều này thực sự là sự lãng phí rất lớn của nước ta.

ThS. Hoàng Thị Xinh